Le service des doctorats, a pour missions :
 la scolarité du troisième cycle
 les cotutelles
 les inscriptions, soutenances et habilitations à diriger des recherches (HDR)
 les indicateurs concernant les études doctorales

Le service de la recherche a pour missions :
 le Fonds d’Intervention pour la Recherche (FIR)
 la préparation de la partie recherche du contrat quadriennal
 les appels d’offre
 les relations avec le CNRS et le Ministère de la Recherche
 le suivi financier des projets

Le Bureau de la Valorisation dépend de la Délégation : Publications, valorisation, documentation, ressources électroniques. Sa mission est la valorisation de la recherche effectuée dans l’université et la valorisation propre à la Maison de la Recherche.

Les écoles doctorales constituent les structures pédagogiques au sein desquelles les étudiants en doctorat s’initient aux méthodes propres à leur discipline. Ces écoles assurent une ou plusieurs formations doctorales et regroupent des unités de recherche associées ou non au CNRS.