En 2002, à la demande des autorités de l’Université de Paris IV-Sorbonne, une Équipe d’accueil (E. A., 2575) a été constituée par la réunion de plusieurs anciennes équipes (Centre d’études juives, centre de recherches sur le christianisme ancien, centre d’anthropologie religieuse, centre de recherches sur la Septante, ... ) qui travaillaient dans le domaine de l’histoire, de la philologie, de l’histoire de l’art et de l’anthropologie des religions. Le fonctionnement de cette équipe, qui regroupe une soixantaine d’enseignants-chercheurs, chercheurs et doctorants rattachés à différentes universités et organismes de recherches s’est fait dans le cadre de l’École doctorale des mondes antiques et médiévaux et d’Histoire des religions.

Depuis le 1er janvier 2006, l’I.R.E.R. est devenu un P.P.F. (Plan pluri-formation) du Ministère de l’Education nationale. Depuis le 1er janvier 2010, l’IRER a été intégré au P.P.F. du Président de l’Université Paris-Sorbonne.

Ce P.P.F. participe à la gestion la Bibliothèque d’Histoire des religions qui dispose de plus de 40 000 ouvrages. Chaque groupe de travail conserve ses particularités thématiques et méthodologiques mais les résultats sont mis en commun au moyen de colloques ou journées d’études - ayant donné lieu à des publications préparées et éditées par l’Équipe -, de séminaires de recherches à l’intention des étudiants de Master 2 et de doctorat, et de tables rondes autour de livres récents ou d’événements ayant trait à la vie religieuse, destinées tant aux chercheurs qu’à un large public.

L’IRER dispose d’un conseil scientifique, qui "définit les missions du PPF, prépare le budget et contrôle son exécution". Ses membres ont été élus lors de l’Assemblée générale de l’IRER le 4 mai 2010 pour une durée de quatre ans : Mmes Agathe Mayeres-Rebernik, Françoise Monfrin et Madeleine Scopello, MM. Jacques-Olivier Boudon, Gérard Capdeville, Paul Fenton et Olivier Munnich.