La bibliothèque du centre Malesherbes a hérité en 1999 des fonds de l’ex-bibliothèque du Grand-Palais (créée en 1964), en y ajoutant un fonds de littérature et de langue française.
Les collections pour les études germaniques (70 000 volumes), constituées à partir de 1927, comprennent notamment un fonds Andler et un fonds H. Lichtenberger.
Le fonds slave (50 000 volumes) couvre plus particulièrement la langue, la littérature et la culture populaire et les études régionales russes. Ce fonds est complémentaire de ceux des bibliothèques de la Sorbonne, du Centre d’études slaves et de la Bibliothèque interuniversitaire des langues orientales. Il est complété par un fonds de langue et de littérature des pays d’Europe centrale : Pologne, Bulgarie, République tchèque et Slovaquie, Serbie, Croatie.
Les fonds italien et roumain (40 000 volumes) proviennent de l’ancien Institut d’études italiennes de l’Université de Paris. À partir de 1970, ils ont été développés au Grand-Palais par chacune des Universités de Paris-III et de Paris-IV. En 1988, l’Université de Paris-III a transféré ses collections, et une partie du fonds de l’ancien Institut, au centre universitaire Censier (auquel ont accès les étudiants et les chercheurs en études italiennes de Paris-IV).
Le fonds nordique est constitué d’une collection destinée aux étudiants de Paris-Sorbonne qui disposent, en outre, des collections plus fournies de la Bibliothèque nordique, abritée par la bibliothèque Sainte-Geneviève.
Enfin, la bibliothèque propose des ouvrages généraux et de référence dans tous les domaines, en se spécialisant particulièrement sur les aires culturelles des domaines couverts par la bibliothèque.