La bibliothèque comporte environ 4 500 volumes, 20 périodiques en cours et 150 boîtes contenant plusieurs centaines de tirés à part.

Le classement des ouvrages a été entièrement refondu. Désormais, le fonds est divisé en grandes unités :

 * fonds documentaire papyrologique et épigraphique, toutes langues confondues (grec, démotique, latin, copte, arabe,...) classé selon les sigles de la Checklist of Editions ou de la SEG
 * usuels (dictionnaires, grammaires, lexiques, prosopographies, ...), cote U.DIC., U.PROS., U.LEX., U.GRAM., U.MAN., ...
 * sources littéraires classées par auteur ancien selon l’usage de l’Année philologique, cote AUT.nom
 * corpora littéraires, classés selon leur sigle usuel, cote CORP.LIT.sigle
 * archéologie (classement par nom de site), cote AR.lieu
 * monographies, classées par auteur moderne et année d’édition (4 première lettres du nom & année), cote M.auteur.année
 * mélanges et opera minora, cote MEL.nom
 * musique antique, même usage, cote MUS.auteur.année
 * revues
 * tirés à part, boîtes par nom d’auteur, non cotés
 * thèses imprimées, cote THE.auteur

La collection inventoriée des papyrus grecs, coptes, démotiques et arabes comprend 2 100 pièces.

Tout en étant spécialisée en papyrologie (c’est-à-dire l’étude des papyrus de langues classiques : grec et latin), cette bibliothèque comporte aussi des ouvrages d’autres disciplines (archéologie et histoire de l’art, épigraphie, numismatique) concernant l’Egypte gréco-romaine, ainsi qu’une partie du fonds documentaire démotique et copte.

L’Institut de papyrologie reçoit régulièrement de la Fondation égyptologique Reine-Élisabeth la Bibliographie papyrologique ; plusieurs ordinateurs sont à la disposition du public pour la consulter.